Не смотря на то, что нумерология и получила большую известность относительно недавно, она является одной из древнейших наук. До некоторой степени уже сами числа образуют собственный язык, который понимали и которым пользовались многие первобытные племена, поддерживая связи между собой на языке чисел. А в древних алфавитах (к примеру, в древнееврейском) численные значения приписывались и буквам.

В настоящее время невозможно наверняка установить, когда именно зародилась нумерология, по той причине, что в древности (в Вавилоне, Индии, Египте, Греции и Риме) такой отдельной науки просто не было. В те времена философ (в широком смысле этого слова) и математик без труда понимали друг дружку и не мыслили собственные науки отделенными друг от дружки непроницаемыми барьерами. Поэтому одни и те же исследователи изучали числа, как с позиции философии, так и с позиции математики (в то время разделявшейся на арифметику и геометрию, что дало арифметический и геометрический подходы к изучению чисел). Платон, Аристотель требовали от своих учеников уверенного владения математикой, а большая часть математиков древности были прекрасно знакомы с философией своего времени.

Основные принципы нынешнего варианта западной нумерологии были разработаны в VI веке до н.э. древнегреческим философом и математиком Пифагором, который объединил математические системы арабов, друидов, финикийцев и египтян с науками о природе человека. Пифагор родился около 580 года до нашей эры, много путешествовал по Египту, Халдее и иным странам и, вернувшись, основал в южной Италии особое философское общество. В этом обществе, либо пифагорейской школе, изучались науки, особенно арифметика, геометрия и астрономия, и были сделаны важнейшие открытия. Пифагор открыл, что четыре известных в то время музыкальных интервала можно выразить в пропорции между цифрами 1 к 4. Дальше он понял, что номера 1 к 4 и к ним добавленные числа, в сумме составляющие 10, образуют священное число, которое представляет материальную и метафизическую целостность Вселенной, совершенство. Если четыре ноты могут быть выражены цифрами, считал Пифагор, то, вероятно, все сущее ещё может быть выражено числами. Вселенная выражается цифрами от одного до четырех, которые при добавлении к десяти становятся источником всего сущего.

Пифагорейский союз, члены которого составляли закрытое общество, возбуждал таинственностью своих занятий подозрения и опасения, а потому многократно подвергался преследованиям, и, просуществовав 100 лет, был разгромлен. Члены его, рассеявшись по Греции, разнесли сведения об учении Пифагора. Пифагорейское учение существенно повлияло на становление и развитие духовных тайных обществ Европы, таких, как розенкрейцеры, масоны, антропософы и прочие. С того момента и поныне данный вариант нумерологии продолжает развиваться.

Особую важность нумерология получила в учении Каббалы, где её разновидность известна под названием гематрии. Каббалисты расширили пифагорову концепцию, применяя числа в магических квадратах для разных целей. С открытием в XIX веке учеными природы света, электричества и магнетизма, старинные оккультные значения, приписываемые числам, стали приписывать и вибрациям энергии.